wp_tag_cloudというフィルターフックが用意されていますので、こちらを活用しましょう。
フックの詳しい扱い方は以下のページを参考にしてみてください。
Plugin API/Filter Reference/wp tag cloud
このCodexのページに例として挙がっていたコードを以下に引用しておきます。
例：タグクラウドのアンカータグをnofollowにする
add_filter( 'wp_tag_cloud', 'no_follow_tag_cloud_links' );
function no_follow_tag_cloud_links( $return ) {
$return = str_replace('<a', '<a rel="nofollow" ', $return );
return $return;
}
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